O Museu Botânico Municipal foi incorporado ao Jardim Botânico em 1992 e passou a oferecer novos serviços como educação ambiental, exposições e, ainda, conta com biblioteca específica para consulta local.
Hoje, o museu possui cerca de 330 mil exsicatas – plantas secas preparadas para coleção botânica – além de coleção de amostras de madeiras e frutos. Com esse rico material de pesquisa botânica o Museu Municipal de Curitiba é considerado um dos maiores herbários do Brasil e o maior do Estado do Paraná.